De eerste toetsing van het MER over de baanverlenging van Groningen Airport Eelde (GAE) dateert van 18 augustus 1997. Die toetsing omvatte naast het MER en de technische bijlagen een addendum over de omvang van de BKL-contouren. In haar advies (toetsing 1) gaf de Commissie aan dat zij in het algemeen te spreken was over het MER, maar dat een onderzoek naar de ervaren omgevingskwaliteit had moeten worden uitgevoerd conform de richtlijnen voor het MER. De resultaten hadden kunnen bijdragen aan de formulering van het meest milieuvriendelijke alternatief op het punt van het gebruik en de openstelling van GAE en de ermee samenhangende hinderbeleving door omwonenden en recrean-ten. De Commissie achtte het niet nodig de besluitvorming over de aanwijzing te laten wachten op de resultaten van een belevingsonderzoek, maar beval aan om het uit te voeren als onderdeel van het evaluatieprogramma en gaf aanbevelingen over de aanpak ervan. De aanbevelingen sloten aan op een voorstel voor een belevingsonderzoek van Universiteit van Groningen gemaakt in opdracht van de Commissie Milieuhygiëne voor de luchthaven, ex artikel 28 van de Luchtvaartwet. De Ministers van V&W en van VROM stemden in met de aanbeveling van de Commissie.
Op 29 oktober 1997 verzocht de Rijksluchtvaartdienst de Commissie om commentaar op de concept offerteaanvraag en het concept projectplan Belevingsonderzoek. Op 17 november 1997 adviseerde de Commissie over het relateren van de hinder(bronnen) aan de beleving, over het gebruik van de inspraakreacties en de klachtenregistratie bij de voorbereiding van de steekproef en de vragenlijst en over de rol van de resultaten bij het bijstellen van de voorschriften in de aanwijzing over de openstelling en het gebruik van GAE.
In 1998 zorgde een uitspraak van de Raad van State over het niet tijdig verlengen van dat het Structuurschema burgerluchtvaartterreinen door de Minister van Verkeer en Waterstaat voor vertraging in de besluitvorming over GAE. Dit had tot gevolg dat de Commissie het verzoek om het rapport over de kwaliteit van de leefomgeving rond GAE te toetsen ontving voor de aanwijzing werd vastgesteld, nl. op 19 oktober 1999. Daarom toetste de Commissie dit rapport als ware het een aanvulling op het MER (toetsing 2). In haar toetsingsadvies (11 november 1999) oordeelde ze dat er voldoende materiaal was om te bepalen of de gebruiksvoorschriften in de aanwijzing aanpassing behoefden. Het onderzoek stelde dat vooral grote, laagvliegende en circuitvliegende toestellen die van elders komen om te oefenen, de ervaren geluidshinder en veiligheidsbeleving veroorzaken. De Commissie was van mening dat het beperken van dit type vliegtuigbewegingen deel uitmaakt van het meest milieuvriendelijke alternatief en bij het opstellen van de gebruiksvoorschriften van GEA beschouwd zou moeten worden. De Commissie beval aan om na de baanverlenging een nieuwe meting uit te voeren.
Op 12 november 1999 stemde het Kabinet in met de baanverlenging, gekoppeld is aan het besluit om het circuitvliegen met grote vliegtuigen te beëindigen. Op 9 maart 2000 heeft het bevoegd gezag in een ontwerpaanwijzing invulling gegeven aan deze Kabinetsbeslissing. Circuitvluchten met lesvliegtuigen van 6000 kg of meer zouden worden verboden. Het aantal proefvluchten met vliegtuigen van 6000 kg of meer werd gebonden aan een maximum van 92 vluchten (of 184 vliegbewegingen) per jaar, zijnde het aantal proefvluchten in 1999.
De Staatscourant publiceerde het definitieve besluit van de betrokken ministers op 22 mei 2001. Hierdoor werd niet alleen de “Aanwijzing ex artikel 27 van de Luchtvaartwet” definitief, maar ook het als bijlage opgenomen evaluatie- en monitoringprogramma, met daarin een aantal aanbevelingen van de Commissie, zoals het herhalen van het belevingsonderzoek en het meten van de luchtverontreiniging met een meetstation.
De aanwijzing is op 3 december 2003 door de Raad van State vernietigd voor wat betreft de berekeningswijze van de geluidszones voor het luchtverkeer, het onderzoek naar de natuur- en landschapswaarden en de onderbouwing van de openingstijden. Over deze onderwerpen werd aanvullend onderzoek uitgevoerd, dat door de Commissie werd getoetst, voorzover dit betrekking had op het milieu (toetsing 3). De Commissie concludeerde dat de essentiële informatie aanwezig was om het milieubelang een volwaardige plaats in de besluitvorming te kunnen geven.
De Raad van State sprak zich op 11 juni 2008 opnieuw uit over de aanwijzing en heeft de ingediende bezwaren over de rechtmatigheid van een rijksbijdrage aan de baanverlenging gegrond verklaard. De Europese Commissie deed hierover op 19 november 2009 uitspraak en kwam tot de conclusie dat deels geen sprake is van staatssteun en deels van steunmaatregelen die verenigbaar zijn met de gemeenschappelijke markt. De ministers van V&W en VROM dienen nu een nieuwe beslissing te nemen met inachtneming van de uitspraak van de Raad van State. Zij willen hierbij ook alle nieuwe informatie betrekken die voor het te nemen besluit relevant kan zijn. Daarom is een deel van de milieu-informatie geactualiseerd en is de Commissie voor de milieueffectrapportage gevraagd om advies uit te brengen over de kwaliteit en de volledigheid ervan (toetsing 4).
De Commissie is van oordeel dat het geheel aan verstrekte gegevens toereikend is voor besluitvorming, maar dat de informatie gefragmenteerd is en op onderdelen onvoldoende is toegelicht. Ze beveelt aan om de achtergrond van de wijzigingen ten opzichte van de voorgaande analyse en de betekenis van de eraan verbonden consequenties te verhelderen in de toelichting bij het te nemen besluit. Verder beveelt ze aan om de gevolgen van een integrale toepassing van de nieuwe regelgeving (RBML) in kaart te brengen en te vergelijken met een analyse gebaseerd op uitgangspunten waarover consensus is bereikt.
